La maladie mortelle des chimpanzés est liée à des bactéries nouvellement identifiées


Des chimpanzés mouraient mystérieusement à la Sanctuaire de Tacugama en Sierra Leone pendant une dizaine d’années d’ici 2016, lorsque Tony Goldberg s’est mis à chercher pourquoi.

Le personnel du sanctuaire, les vétérinaires et les biologistes ont mené plusieurs enquêtes sur la maladie au fil des ans. Il n’était pas contagieux, n’infectait pas les humains, n’apparaissait pas dans d’autres sanctuaires, mais tuait des chimpanzés à Tacugama d’une manière incontestable et alarmante.

«C’était toujours dans la même saison et toujours les mêmes symptômes», a déclaré Andrea Pizarro, responsable de la conservation du sanctuaire. Les chimpanzés montraient ce qui semblait être des symptômes neurologiques: manque de coordination, difficulté à marcher et convulsions. Ils présenteraient également des signes de détresse gastro-intestinale, comme des abdomens gonflés et des vomissements. Si le syndrome apparaissait, pas un chimpanzé affligé ne survivait.

Parfois, des chimpanzés qui semblaient bien un jour ont été retrouvés morts le lendemain, ce qui se passe dans tous les sanctuaires et probablement aussi dans la nature. Mais au fil des ans, les tests après la mort avaient montré le même schéma de lésions intestinales que les chimpanzés qui présentaient des symptômes.

Le sanctuaire, une attraction touristique majeure et le seul endroit pour les chimpanzés orphelins en Sierra Leone, abrite en moyenne un peu plus de 90 chimpanzés. Ce sont des chimpanzés occidentaux, une sous-espèce en danger critique d’extinction. Cinquante-six chimpanzés de Tacugama sont morts de cette mystérieuse maladie, dans un pays qui a récemment fait du chimpanzé son animal national.

Ce qui rendait le mystère encore plus déroutant, c’était que le schéma de la maladie ne se produisait qu’à Tacugama. Les chimpanzés sont tombés malades et sont morts dans d’autres sanctuaires, bien sûr, parfois soudainement, mais le schéma particulier de cette maladie ne s’est produit qu’à un seul endroit. Plusieurs enquêtes axées sur des virus ou des plantes toxiques n’ont pas donné de réponses claires.

En 2016, le Dr Goldberg, épidémiologiste et vétérinaire à l’Université du Wisconsin, à Madison, et responsable du projet Kibale EcoHealth, a été approché par l’Alliance panafricaine des sanctuaires pour tenter de résoudre le mystère. Lui et ses collègues du Wisconsin ont uni leurs forces avec d’autres vétérinaires et biologistes en Afrique et ailleurs pour entreprendre une analyse complète du sang et des tissus des chimpanzés morts qui avaient été congelés dans un hôpital voisin.

«Cela m’a pris cinq ans», dit-il. Mercredi, lui et d’autres chercheurs ont atteint un point de repère dans leur travail de détective vétérinaire avec un rapport dans Nature Communications qui a identifié une nouvelle espèce de bactérie clairement lié au syndrome.

Jusqu’à présent, la recherche n’a pas révélé que la bactérie était la seule cause de la maladie, mais elle a ouvert une nouvelle fenêtre sur le genre bactérien Sarcina, qui peut inclure davantage d’espèces non identifiées qui menacent la santé des humains et des animaux.

Le Dr Goldberg a souligné qu’il ne s’agissait pas d’une pandémie en devenir. La bactérie n’est pas contagieuse et n’est pas sur le point de causer des dommages généralisés.

Depuis le début, rien dans l’étude n’était simple, y compris le transport des matières premières pour la recherche au laboratoire. Le Dr Goldberg a attribué à Ismail Hirji, un vétérinaire canadien en pratique privée qui était le vétérinaire clinique du sanctuaire en 2016, d’avoir surmonté ces obstacles initiaux. «Il vient de déplacer des montagnes pour extraire ces échantillons de la Sierra Leone», a déclaré le Dr Goldberg.

Le premier obstacle concernait le processus de demande de permis de transport d’échantillons de tissus malades prélevés sur une espèce en voie de disparition. La paperasse a pris environ un an, se souvient le Dr Hirji.

Le jour où les échantillons devaient être expédiés, une escorte policière nécessaire ne s’est pas présentée. Le Dr Hirji et d’autres ont fait une course de dernière minute en voiture et en petit bateau, car les ferries qui transportent habituellement les voyageurs vers l’aéroport avaient fermé. Dans le bateau, il a déclaré: «Nous transportions essentiellement 30 kilos d’échantillons sur nos têtes.»

Malgré plus de difficultés à l’aéroport, y compris un manque de chambres froides, le groupe a finalement acheminé les échantillons dans un avion jusqu’au laboratoire du Dr Goldberg dans le Wisconsin.

Ensuite, les chercheurs ont commencé un dépistage approfondi du sang et des tissus de chimpanzés sains et malades pour détecter des virus, des bactéries et des parasites, à l’aide d’études génomiques, d’un examen visuel des tissus et d’autres techniques.

Leah A. Owens, candidate à un doctorat. et un diplôme vétérinaire travaillant dans le laboratoire du Dr Goldberg, a commencé à se concentrer sur les bactéries après que les enquêtes ADN initiales ont montré qu’un seul coupable probable, une bactérie qui était dans 68% des échantillons de chimpanzés malades mais aucun de chimpanzés sains.

Mme Owens a essayé de faire pousser la bactérie en culture, de l’envoyer à d’autres laboratoires pour séquençage, de la rechercher dans des échantillons de tissus. Presque impossible à cultiver en laboratoire, la bactérie a finalement proliféré dans un frottis de tissu cérébral. Au microscope, le tissu a révélé les formes communes des bactéries, des sphères et des cylindres. Et puis, elle a dit: «J’arrive à celui-ci qui est juste fou.».

«Quand vous le regardez droit dessus, il ressemble à un trèfle à quatre feuilles», dit-elle, mais il s’agit en fait d’un cube de quatre sphères.

Cela indiquait qu’il appartenait au genre Sarcina, qui ne comprenait que deux espèces connues. L’une vit dans le sol et l’autre, identifiée pour la première fois en 1844, s’appelle Sarcina ventriculi et était connue pour causer des symptômes gastro-intestinaux chez les humains et les animaux comme ceux dont souffraient les chimpanzés de Tacugama.

Chez l’homme, Sarcina ventriculi peut prospérer après une intervention chirurgicale et produire des gaz qui remplissent les parois de l’intestin. Une fois que l’infection atteint ce stade, les gens meurent presque toujours.

Le terme technique, a déclaré le Dr Goldberg, est gastro-entérite emphysémateuse, et «c’est ce que les chimpanzés avaient».

Au fur et à mesure que Mme Owens approfondissait ses recherches, il est devenu clair que la bactérie présente dans les échantillons de chimpanzés, y compris dans le tissu cérébral, où une bactérie intestinale n’appartenait certainement pas, n’était pas la même que l’espèce signalée chez les humains et les animaux pendant de nombreuses années. Il était plus gros et son génome présentait des différences significatives.

Les chercheurs ont proposé dans leur article que la nouvelle espèce soit nommée Sarcina troglodytae, car elle a été trouvée chez des chimpanzés, Pan troglodytes.

Avant que le nom proposé puisse être accepté comme nouvelle espèce officielle, les chercheurs doivent cultiver la bactérie avec plus de succès. À ce stade, ils ont montré seulement que les bactéries sont associées à la maladie, mais pas à sa cause.

Et la maladie émerge encore mystérieusement. Le syndrome atteint toujours son apogée en mars, pendant la saison sèche par exemple. Garder les chimpanzés à l’intérieur l’après-midi semble aider à l’empêcher. Et quelque chose dans leur alimentation ou dans leur environnement peut également jouer un rôle.

Les chercheurs ont cependant proposé des traitements potentiels. Un médicament qui peut être efficace est l’oméprazole, l’ingrédient de Prilosec, qui réduit l’acide gastrique – un environnement dans lequel la bactérie se développe.

Certains antibiotiques sont plus efficaces que d’autres. Mme Pizarro, la directrice du sanctuaire, a déclaré qu’un chimpanzé avait commencé à développer le syndrome la semaine dernière, mais qu’il lui avait administré des antibiotiques et d’autres traitements et qu’il se porte maintenant bien. Le syndrome peut cependant tuer après ce qui ressemble à une guérison.

La nouvelle bactérie, ou d’autres similaires, peut être plus répandue que les scientifiques ne l’ont réalisé, a déclaré le Dr Goldberg. Les bactéries Sarcina n’ont pas fait l’objet de nombreuses recherches. Les maladies et les décès chez les humains et les animaux attribués à Sarcina ventriculi peuvent en fait être causés par la nouvelle bactérie ou des espèces similaires. Si tel est le cas, il s’agit d’un groupe de bactéries qui mérite plus d’attention.

«Cela entre dans la catégorie des choses que nous devrions surveiller», a-t-il dit, «mais ne nous inquiétons pas.» Aucune pandémie de Sarcina n’est susceptible de se profiler, a-t-il déclaré.

Mais le Dr Goldberg a déclaré qu’il ne serait pas surpris si, «rétrospectivement, nous reconnaissons que de nombreuses maladies humaines et animales que nous attribuons à d’autres choses sont en fait causées par des versions de cette bactérie».



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